1.低熱能值，因為低聚果糖無法被人體直接吸收消化，只可以被腸道細菌消化吸收使用，故其熱量低，并不會導至肥胖，間接地還有減肥作用。對糖尿病人而言也是一類較好的甜味劑。
    2.因為其無法被口腔細菌(指突變鏈球菌Smutans)使用，因此有著防齲齒作用。
    3.對胃腸道益菌的增殖作用。低聚果糖對胃腸道中益生菌群如雙岐桿菌、乳酸桿菌等有可選擇性增殖作用，使益生菌群在胃腸道中占有優勢，控制有害菌的生長，減低有毒物質(如內毒素、氨類等)的形成，對腸粘膜細胞和肝有著防護作用，進而避免病變腸癌的形成，加強身體免疫能力。
    4.可減低血清中膽固醇和甘油三脂的成分。
    5.促進營養的消化吸收，尤其是鈣的消化吸收。吸收低聚果糖能提升生物體對鈣離子的消化吸收，這一個情況受了愈來愈多的關注，某些人體臨床試驗也得到陸續開展。針對青少年，富含豐富低聚果糖的菊粉證明可根據強化鈣質消化吸收和提升骨密度對骨骼健康形成積極的作用。針對停經后的婦女，富含低聚果糖的菊粉證明可提升礦物消化吸收而改進骨骼健康。另有臨床試驗結果指明，補充富含豐富低聚果糖的菊粉可幫助改進更年期婦女的礦物消化吸收并影響到其骨更新標記。
    6.預防腹瀉和便秘。